Napjainkban már csak kevesen tudják, hogy a múzeumnak otthont adó épület, valaha börtön volt. 1782-től 1853-ig a Jászkun Kerületen belül a Nagykun Kerület tömlöceként működött. A Nagykunság minden részéről származó bűnözőket tartottak itt lakat alatt. Mivel a kerület pallosjoggal rendelkezett, halálos ítéleteket is végrehajthattak Kunszentmártonban. A kivégzések emlékét őrzi feltehetően a város határában az Akasztófa-töltés helymegnevezés is.
Az épület terveinek elkészítésével és a kivitelezéssel a pesti építészt Jung Józsefet bízták meg. 1780-ban kezdték meg az építkezést a Körös-parti telken. A tetőt eredetileg fazsindely borította. 1826. június 24-én támadt „szörnyű szélvész” nagy károkat okozott Kunszentmárton házaiban, így a börtön épületében is. A megjavított részt már égetett cseréppel fedték be. Szinte lehetetlen a börtön eredeti állapotát rekonstruálni, néhány leírásból és a jelenlegi állapotból kiindulva mégis feleleveníthetjük külsejét és belső elrendezését. Az épület utcai részén volt a személyzet, a hajdúk és a börtöntartó, később a fogházfelügyelő szállása. Itt kapott helyet a konyha és a kamra is. A hátsó részen, mindkét szinten ún. gangokról nyíltak a cellák ajtói. A cellák fűtését a falba mélyesztett nyolc fűtőnyílással oldották meg, amit szalmával, vagy jobb esetben fával raktak meg. A pincerészen nyolc egy-két személyes cella volt, míg a felső emeleten négy nagyobb négy-hat személyes csoportos cellát alakítottak ki. A női elítélteket a férfiaktól külön helyezték el, de állandó cellát nem neveztek ki számukra. A lépcső alatt sötétzárkát hoztak létre az engedetlen elítéltek számára. Jelenleg ebben a helyiségben tekinthetőek meg a rabtartás eszközei.
Egy börtön életéből sem hiányoznak a szökések vagy szökési kísérletek. 1812-ben Mendi Albert és Fábián Miklós elítéltek cellájukat többször megásták, ezért leláncolásukhoz szükséges eszközök megvételéhez a nagykun kasszából kért pénzt a börtöntartó. 1835-ben Balla Imre, Baranyi Pál és Barany József marha- és báránytolvajokat társuk próbálta meg a börtönőröktől szerzett „titkos kulccsal” kiszabadítani.
A 20. század közepéig a járásbíróság fogházaként használták az épületet, majd 1958-ban korszerűtlensége és kihasználatlansága miatt végleg bezárták.