A 2000 évek elején időszaki kiállítások keretében foglaltuk össze egy-egy kunszentmártoni kismesterség történetét, részletesen bemutattunk egy-egy műhelyt. Jó példa erre 2004-ben a Mégis bunda a bunda. Szűcsök Kunszentmártonban című kiállítás.
Az elmúlt évek jellegzetessége, hogy a választott témát komplex módon igyekeztünk bemutatni, feldolgozni. 2002-ben az Öltözködési műhelytitkok a századelőn c. kiállítást konferencia és kézműves foglalkozások, bemutatók kísérték.
A Tiszazug és Kunszentmárton vidékének természeti értékei természetvédelme c. rendezvénysorozatunk 2003-ban nagy siker mellett zajlott. Kiállításunk alatt négy kerékpáros túrát szerveztünk a város határában, s hat előadásra hívtunk meg ökológusokat, természetvédelemi szakembereket. Segítségünkkel született meg a Túrák Kunszentmárton környékén című kiadvány.
Időszaki kiállításaink közül egyesek évi rendszerességgel ismétlődnek. Sorozattá váltak az óvodások, az alsó tagozatosok közösen készített, szívet melengető játékkiállításai (mackók, nyuszik, babák), amikor saját játékaikat gyűjtik össze a gyerekek. Ilyen jellegűek a Képzőművészeti Alkotótábor éves tárlatai vagy hímzés-csipke sorozatunk a Csenged Népművészeti Egyesület káprázatos szépségű és finom kivitelű darabjaiból.
A 2002-ben alakult városvédő egyesülettel szoros együttműködésben dolgozunk. Közös kiállításunk az Épített örökségünk c. fotótárlat Kunszentmártonról.
Múzeumunk mindig szívesen ad otthont egzotikus országokat, témákat bemutató kiállításoknak. 2009-ben a Régi idők távoli tájak című időszaki kiállításunk megnyitóját Mangasi Sihombing indonéz nagykövet is megtisztelte jelenlétével.
Régi idők, távoli tájak című kiállításunk 2009 márciusában nyílt.
A kunok első világtalálkozója alkalmából 2009. szeptember 19-én zajlottak Kunszentmárton város megemlékezései, ünnepségei. Ennek egyik fő rendezvénye volt a múzeum által rendezett Egy „jász település” a Nagykunságban című kiállítás. A kiállítás azért jött létre, hogy tisztázza: a város polgárai miként vélekednek a jász ill. a kun népről, őrzik-e a jászokhoz tartozás valamilyen emlékét, s ha igen, ez mennyire fontos számukra.
